Pour expliquer la phagothérapie dans le traitement des IVU récidivantes et pourquoi elle peut être utile, il est préférable de commencer par une question : Que sont les bactériophages ?

Même si cela peut donner la chair de poule, notre corps n’est pas seulement constitué de cellules humaines. Notre corps est un monde à part entière, composé de virus et d’environ 10 000 espèces de bactéries.

Nos microbiomes nous aident à digérer les aliments et à absorber les nutriments, ils produisent des vitamines et des anti-inflammatoires, et ils sont absolument nécessaires à notre survie. Mais, comme dans tout monde, nos microbiomes ont besoin de freins et de contrepoids, et c’est là que les bactériophages entrent en jeu.

Aller à la section :

• Qu’est-ce qu’un bactériophage ? >>>>
• Qu’est-ce que la thérapie par bactériophages ? >>>>
• La phagothérapie est-elle une alternative aux antibiotiques ? >>>>
• Un succès de la phagothérapie – L’histoire de Patti. >>>>
• Combien coûte la phagothérapie ? >>>>
• Où puis-je avoir accès à la thérapie par les phages pour les IVU ? >>>>

Les bactériophages, également appelés phages, sont des virus qui infectent et détruisent des bactéries spécifiques. Par exemple, il a été démontré que le phage VB_EcoS-Golestan cible E. Coli, l’une des bactéries les plus courantes à l’origine des IVU.

Si les phages et leur aspect fascinant de science-fiction sont nouveaux pour beaucoup d’entre nous, ils sont en fait considérés comme l’organisme le plus abondant de la planète. Ils sont présents naturellement dans tout le corps humain, mais ceux qui se trouvent dans les voies urinaires ne sont pas bien connus.

Une chose a été établie : les bactériophages sont présents dans la vessie. Comment le savons-nous ? Lorsqu’une bactérie entre en contact étroit avec son phage spécialisé, ce dernier insère une partie de son propre génome dans la bactérie.

En examinant les bactéries de la vessie, les chercheurs ont constaté que 86 % d’entre elles contenaient le génome d’un phage. Cela indique que les phages sont présents dans le même environnement que leurs homologues bactériens, en l’occurrence la vessie.

La thérapie bactériophagique remonte à 1919, lorsque les phages ont été utilisés pour la première fois chez les oiseaux pour les protéger contre Salmonella gallinarum. Bien que découverte il y a près d’un siècle, la recherche occidentale sur la thérapie par les phages a été largement abandonnée après que la pénicilline s’est avérée être un antibiotique efficace.

Aujourd’hui, avec l’augmentation de la résistance aux antibiotiques et aux médicaments multiples, la thérapie par les phages est redevenue plus populaire dans la recherche occidentale. En fait, certaines études ont prédit que tous les agents pathogènes seront résistants à 100 % aux antibiotiques dans les années à venir.

Il est clair qu’il est urgent et nécessaire de trouver des alternatives aux antibiotiques, et la thérapie par les bactériophages est une perspective prometteuse.

La thérapie par les phages utilise le fait que les bactériophages ne s’attaquent qu’à des espèces ou des souches spécifiques de bactéries. Les phages doivent être isolés de leur environnement avant d’être administrés à l’homme.

Une étude a suggéré que la meilleure façon d’ obtenir des phages cliniquement pertinents pourrait être de les prélever dans les eaux usées des hôpitaux, où l’on trouve de fortes concentrations de bactéries résistantes. Cela pourrait offrir les meilleures chances d’identifier et d’utiliser des phages qui s’attaquent déjà avec succès aux bactéries résistantes.

Pour en savoir plus, regardez notre interview d’une équipe de spécialistes de la thérapie par les phages basée aux États-Unis :

Comment fonctionne la phagothérapie ?

Il existe deux types de phages : les phages virulents et les phages tempérés. Le type de phage est déterminé par la phase du cycle de vie. Seuls les phages virulents sont utilisés dans la thérapie par les phages et ils se trouvent dans ce que l’on appelle le cycle lytique.

Dans le cycle lytique, le phage s’attache à la bactérie et y insère son génome. Cela permet au phage de détourner la cellule bactérienne, en utilisant la machinerie de la cellule pour créer d’autres phages. Les phages produits se détachent alors de la cellule, ou la lysent, tuant ainsi la bactérie.

Le fonctionnement des phages est assez spectaculaire. Ils utilisent les propres mécanismes de la cellule bactérienne pour créer d’autres phages à partir des éléments suivants à l’intérieur à l’intérieur de la cellule bactérienne, puis elles se détachent de la cellule, la tuant au passage.

Les phages nouvellement produits peuvent ensuite infecter d’autres bactéries de cette espèce. Les phages continueront à répéter ce cycle jusqu’à ce qu’il n’y ait plus de bactéries de cette espèce à infecter, et ils s’éteindront alors eux-mêmes. Un phage particulier ne peut pas infecter d’autres espèces de bactéries, de sorte que les bactéries saines qui composent le microbiome restent intactes.

L’autre type de phage, les phages tempérés, utilise le cycle lysogénique. Dans le cycle lysogénique, le phage se fixe également à la bactérie et y insère son génome. Mais dans le cycle lysogénique, le génome du phage reste dormant dans la cellule bactérienne et ne crée des phages que lorsque le bon déclencheur se produit.

Dans ce cas, le génome du phage est incorporé dans l’ADN de la bactérie. Certains génomes de phages tempérés peuvent en fait offrir à la bactérie une résistance aux antibiotiques. Évidemment, c’est exactement ce que le traitement cherche à éviter. C’est pourquoi les phages tempérés ou lysogènes ne sont pas utilisés dans la thérapie bactériophagique.

La phagothérapie peut-elle être utilisée pour traiter les IVU ?

Réponse courte : Cela semble probable ! Mais il est important de noter que la thérapie par les phages fait encore l’objet de recherches aux États-Unis et qu’elle n’est pas validée cliniquement. Cela est principalement dû à l’absence d’essais contrôlés randomisés.

“We need modern science to help us understand what the role of phage therapy is, when it’s needed, when it’s safe, how it should be applied. And although we know there are pockets of the world where therapy is being administered, we just don’t have the scientific rigor to understand what’s going on there.” Dr. Linda Brubaker, UC San Diego Health

Bien qu’il ne s’agisse pas actuellement d’une option cliniquement viable aux États-Unis, la recherche a démontré l’efficacité de diverses formes de thérapie bactériophagique:

1. Thérapie par monophage

La thérapie par monophage fait référence à l’utilisation d’un seul type de phage qui attaque une seule espèce de bactérie. Cette forme de thérapie peut entraîner une résistance, car les bactéries peuvent apprendre à se protéger contre ce seul type de phage.

2. Polyphage ou thérapie par cocktail de phages

La thérapie polyphage ou cocktail de phages fait référence à l’utilisation de deux ou plusieurs types de phages qui s’attaquent à plusieurs espèces de bactéries. Ils se sont révélés efficaces dans le traitement des biofilms.

3. Phagothérapie modifiée génétiquement ou par ingénierie

Les phages conçus ou génétiquement modifiés sont des phages spécifiquement codés pour lutter contre les résistances multiples aux médicaments et les biofilms.

4. Phagothérapie combinée à une thérapie antibiotique

La thérapie par les phages en combinaison avec des antibiotiques peut être l’utilisation la plus efficace des phages. En brisant les biofilms, les phages permettent une pénétration plus profonde des antibiotiques.

Face au nombre croissant de souches bactériennes résistantes aux antimicrobiens, il est impératif de trouver des alternatives aux antibiotiques. Selon l’Organisation mondiale de la santé, 60 % des bactéries pathogènes sont déjà résistantes aux antibiotiques.

De nombreux antibiotiques couramment utilisés pour traiter les IVU, tels que l’ampicilline, le cotrimoxazole, les céphalosporines et l’amoxicilline, ont déjà des souches de bactéries qui leur sont résistantes.

Comme indiqué plus haut, on pense que la thérapie par les phages est plus efficace lorsqu’elle est utilisée en association avec des antibiotiques. Toutefois, certaines études se sont penchées sur l’utilisation de la phagothérapie seule. L’approche la plus bénéfique dépendra probablement de la situation spécifique.

Contrairement aux antibiotiques, les phages ne déstabilisent pas le microbiome. Les antibiotiques éliminent de grandes quantités de bactéries, laissant des vides qui permettent à d’autres bactéries nocives de se développer de manière disproportionnée. Cela peut entraîner un déséquilibre du microbiome.

En revanche, avec la thérapie par les phages, une fois que les bactéries ciblées par les phages ont été tuées, les phages n’ont plus rien à attaquer et quittent l’organisme par l’urine ou les fèces. La recherche a également montré que les phages peuvent contribuer à stabiliser le métabolisme bactérien et la structure de la communauté.

Notre entretien avec une équipe de spécialistes des phages basée aux États-Unis revient plus en détail sur la thérapie par les phages pour les IVU récidivantes :

Comment les bactériophages sont-ils acheminés vers la vessie ?

Les cocktails de phages peuvent être administrés par voie intraveineuse et la recherche s’intéresse même à l’application directe dans la vessie. Certaines études ont testé l’administration de phages par voie orale, mais cette méthode pourrait n’être efficace qu’à des doses élevées.

La thérapie par les phages peut être utilisée pour soulager un certain nombre d’infections bactériennes, mais elle est le plus souvent utilisée pour les infections chroniques ou récurrentes dues à des bactéries résistantes aux antibiotiques. Par exemple, la thérapie par les phages a récemment fait l’objet d’une attention particulière pour les infections àPseudomonas aeruginosa chez les personnes atteintes de mucoviscidose.

Comment la phagothérapie peut-elle aider à lutter contre les infections persistantes ?

Les infections persistantes ou récurrentes peuvent survenir lorsque les antibiotiques administrés pour traiter une IVU n’éliminent pas les bactéries pathogènes, ce qui leur permet de se repeupler à nouveau. En fait, 68 % des IVU récurrentes sont causées par des bactéries identiques à la souche à l’origine de l’infection primaire.

Les bactéries persistantes peuvent créer des biofilms qui adhèrent à la paroi de la vessie et l’envahissent. Après l’invasion de la paroi de la vessie, certaines espèces de bactéries peuvent créer des réservoirs, qui sont des colonies isolées situées plus profondément dans les couches cellulaires de la vessie. Ces réservoirs sont également appelés Communautés bactériennes intracellulaires (CBI).

Une fois cachées sous la surface dans des Biofilms ou des CBI, les bactéries sont protégées à la fois de notre système immunitaire et des antibiotiques. Les structures de Biofilm sont 1000 fois plus résistantes aux antibiotiques que les bactéries flottantes.

Que faire en présence de Biofilms ?

Il a été démontré que les phages s’infiltrent dans les biofilms et que, lorsqu’ils sont associés à des antibiotiques, ils peuvent avoir un effet synergique pour déconstruire ces colonies protégées.

Un autre aspect à prendre en compte est la limitation de l’accès aux nutriments nécessaires à la construction des Biofilms. Par exemple, le fer est essentiel aux processus utilisés par les bactéries pour créer des biofilms. Limiter l’accès au fer ou introduire des ions qui attirent le fer et réduisent sa biodisponibilité peut contribuer à la réduction des biofilms.

En 2018, les IVU à Klebsiella de Patti s’étaient tellement aggravées qu’elle devait être sous antibiotiques intraveineux en continu.

“None of the antibiotics were killing the bacteria, all they were doing was suppressing it. But, eventually, I got to the point where I felt the antibiotics themselves were killing me.” Patti Swearingen, US, Patient

Sa santé déclinant rapidement, sa famille a désespérément cherché d’autres réponses à ses IVU apparemment insolubles. C’est son fils qui est tombé sur la thérapie par les phages.

D’abord réticente, Patti, désespérée, a cherché de l’aide à Tbilissi, en Géorgie, au Centre de thérapie par les phages. Il a fallu 5 à 6 semaines pour fabriquer le cocktail de phages personnalisé, mais une fois terminé, Patti a pris un vol des États-Unis vers la Géorgie (alors qu’elle était encore sous antibiotiques par voie intraveineuse).

Dans les 24 heures suivant son arrivée, Patti a commencé son traitement de phagothérapie de deux semaines et s’est immédiatement sentie mieux. Les infections ultérieures à E. Coli qui se sont déclarées dans l’urètre nouvellement libéré ont été facilement traitées avec des antibiotiques. Une fois les infections à E. coli éradiquées, elle n’a présenté aucun symptôme pendant 11 mois. Sa vie, qui avait été bouleversée par la détérioration de son état de santé, a été rétablie.

Déclenchée par un événement familial traumatisant, la Klebsiella est réapparue. Entre les restrictions du COVID et l’interdiction par la FDA des phages importés, Patti n’a pas été en mesure de poursuivre la thérapie par les phages.

Les études actuelles sur la thérapie par les phages ont donné des résultats similaires pour les patients souffrant d’IVU récurrentes. L’accès aux États-Unis est limité et si vous parvenez à participer à une étude sur la thérapie par les phages, il faudra probablement attendre plus d’un an avant que les phages ne vous soient administrés.

Bien que la phagothérapie soit une option thérapeutique prometteuse, elle nécessite du temps, de l’argent et du dévouement. Plus important encore, elle doit être administrée correctement. Comme toute autre technologie médicale, il est peu probable qu’il s’agisse d’un traitement universel. Et comme pour toutes les options de traitement des IVU récidivantes, la phagothérapie ne peut pas garantir une santé prolongée.

Bien que la thérapie par les phages ne soit pas cliniquement disponible aux États-Unis, il est possible d’y avoir accès à des conditions d’utilisation compassionnelle. Pour en savoir plus, lisez notre entretien avec une équipe de phagothérapie basée aux États-Unis :

Certains patients choisissent de se rendre à l’étranger pour suivre une thérapie par les phages. Le Phage Therapy Center de Géorgie propose des traitements à des patients du monde entier pour environ 3 000 à 5 000 dollars, selon le traitement. Ce coût n’inclut toutefois pas les frais de voyage et d’hébergement, ni les dépenses supplémentaires liées aux tests effectués sur les échantillons bactériens. Dans le cas de Patti, le coût total du traitement s’est élevé à 7 000 dollars.

Lors de notre entretien avec une équipe de recherche sur la thérapie par les phages basée aux États-Unis, celle-ci nous a fourni les listes de centres de phages ci-dessous. Vous pouvez également consulter le Phage Directory pour obtenir des informations sur les laboratoires de phages dans le monde entier.

Centres de phagocytage aux États-Unis

1. Tailleur à Houston, Texas
2. CPT au Texas (centre pour la technologie des phages)
3. IPATH – Innovative Phage Applications and Therapeutics (IPATH) à la faculté de médecine de l’université de Californie à San Diego
4. La clinique Mayo traite les patients atteints de phages
5. Yale Phage, dirigé par le Dr Paul Turner (axé sur la mucoviscidose)

Centres mondiaux de phagocytose

1. Institut Eliava à Tblisi, Géorgie
2. Hôpital militaire Reine Astrid à Bruxelles, Belgique (fournit des phages dans toute l’Europe et dans le monde entier)
3. Institut Ludwik Hirszfeld d’immunologie et de thérapie expérimentale en Pologne
4. Phage Australia (grand groupe multicentrique sur les phages associé au Dr Jon Iredell)
5. Université d’Helsinki (possède une grande bibliothèque de phages à usage thérapeutique)
6. Université de Lyon, France, avec le Dr. Tristan Ferry

Le tourisme médical pour la thérapie par les phages amène chaque année de nombreux patients en Europe centrale et orientale. La Belgique, la Pologne, la Russie et la Géorgie disposent toutes de centres de thérapie par les phages de premier plan.

Pour être efficace, le traitement par phagothérapie nécessite le phage spécifique à l’infection et, dans de nombreux cas, les infections peuvent être causées par plus d’un organisme.

Pour être traités au Centre de thérapie par les phages de Tbilissi, en Géorgie, les patients envoient des échantillons bactériens au laboratoire afin qu’il puisse déterminer quel cocktail de phages sera approprié pour traiter l’infection. Une fois ce choix effectué, les scientifiques du laboratoire créent un cocktail de phages personnalisé pour le patient.

« La sensibilité des souches bactériennes aux antibiotiques et aux phages varie selon les régions. En Géorgie, les préparations sont élaborées pour la région locale, car c’est là que l’on trouve le plus de souches, mais si quelqu’un vient d’Amérique, il y a environ 60 % de chances que son infection soit sensible à ces phages et, dans le cas contraire, il faut lui préparer un cocktail sur mesure . » Chris Smith, PDG de Phage International Inc.

Il peut être tentant de commander des phages en ligne, mais il est déconseillé de le faire, en particulier si l’on ne connaît pas la souche bactérienne ou l’ensemble de bactéries à l’origine de l’infection. La réglementation n’autorise pas l’envoi de phages aux États-Unis une fois qu’ils ont été commandés, il est donc préférable d’éviter cette pratique.

Essais cliniques pour la phagothérapie

Une autre façon d’accéder au traitement par phagothérapie peut être de participer à une étude. Le Center for Innovative Phage Applications and Therapeutics (IPATH) de l’université de Californie à San Diego mène actuellement des essais et des recherches sur la thérapie par les phages. Toutefois, ces études sont très exclusives. Les participants doivent passer par des phases de qualification avant d’être acceptés.

Dans le cadre d’une étude récente sur la thérapie bactériophagique IV de l’IPATH, chaque participant devait obtenir l’approbation de la FDA dans le cadre d’une demande d’IND (Investigational New Drug) à usage unique. Pour que la demande soit acceptée, il fallait prouver le besoin clinique, la sensibilité des bactéries aux phages, la caractérisation génétique des phages, l’absence d’activité lysogène des phages et la stérilité du produit final à base de phages.

Ce processus est long, tant pour le patient que pour le chercheur, mais il est également symbolique de la lutte plus large contre les infections bactériennes chroniques. Malheureusement, nous n’avons pas encore de solution miracle pour les IVU chroniques, mais la recherche sur la thérapie par les phages offre l’espoir d’un traitement non antibiotique et d’un répit à ces longues nuits passées collés aux toilettes à souhaiter que la douleur disparaisse.

Découvrez notre entretien avec Esme Brinsden, qui nous explique comment la phagothérapie peut être utilisée pour traiter les IVU et nous parle du projet de phagothérapie, une initiative de science citoyenne visant à lutter contre la crise de la résistance aux antimicrobiens.

Autres méthodes de traitement des IVU récidivantes

Compte tenu de la complexité des IVU récurrentes et chroniques, il n’existe pas d’approche thérapeutique unique qui convienne à tous les individus. C’est pourquoi nous avons abordé différentes approches du traitement des IVU récidivantes.

Avant d’opter pour un traitement particulier, il est essentiel d’identifier la cause profonde du problème. Les symptômes des voies urinaires inférieures peuvent être causés par de nombreuses affections différentes qui peuvent contribuer à l’infection ou entraîner des symptômes semblables à ceux d’une infection.

Consulter un spécialiste qui connaît bien les IVU récurrentes et leurs causes possibles est souvent le meilleur point de départ. Ce praticien peut recommander des tests IVU plus précis ou d’autres examens, en fonction des antécédents et des symptômes du patient.

Pour obtenir des réponses aux questions les plus fréquemment posées sur les IVU chroniques et récidivantes, visitez notre page FAQ. Si vous avez des questions sur les prochaines étapes à suivre, vous pouvez toujours nous envoyer un message direct.