Infection urinaire : les ECBU négatifs n’exclue pas la présence d’une cystite
Vous avez sûrement déjà connu cette situation : votre ECBU est négatif, pourtant vous vous plaignez de symptômes urinaires.
Ou bien vous votre ECBU revient positif, puis négatif, mais vos symptômes urinaires perdurent.
Sachez que vous êtes loin d’être la seule dans ce cas. Et cela n’a rien d’étonnant car il y a de grandes chances pour que vos résultats d’analyse soient erronés et que vous souffriez effectivement d’une infection urinaire.
Vos soupçons sont totalement fondés : la science a prouvé que les ECBU, tout comme les bandelettes urinaires, ne sont pas efficaces pour diagnostiquer les infections urinaires. Cet article vous aidera à comprendre pourquoi ces tests ne sont pas fiables et à trouver des solutions pour obtenir un meilleur diagnostic.
- Les tests urinaires sont-ils fiables ?
- Pourquoi ne faut pas se fier aux bandelettes urinaires ?
- 7 raisons pour lesquelles les tests urinaires peuvent manquer une infection
- 5 méthodes alternatives de test urinaire
- 1. Test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour les infections urinaires
- 2. Test de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour les infections urinaires
- 3. Culture d’Urine Quantitative Étendue (Expanded Quantitative Urine Culture, EQUC)
- 4. Examen au microscope d’un échantillon d’urine fraîchement recueilli
- 5. Examen Cytobactériologique des Urines Modifié (Modified Standard Urine Culture Test)
- Faut-il se fier aux méthodes alternatives de test urinaire ?
Les tests urinaires sont-ils fiables ?
Actuellement, il existe deux façons de diagnostiquer une infection urinaire :
- Le test de la bandelette urinaire, qui peut être réalisé chez le médecin ou chez soi
- Un examen cytobactériologique des urines (ECBU) qui consiste à envoyer un échantillon d’urine au laboratoire pour y être analyser entre 24 et 48 heures.
Bien que les ECBU et les bandelettes urinaires fassent figure de référence absolue dans le monde entier depuis 1950 et 1980 respectivement, ces deux méthodes de tests sont très peu fiables. Les tests urinaires peuvent revenir négatifs même en cas d’infection.
Fiabilité des méthodes de test classiques

Dans les faits, un traitement antibiotique est très souvent prescrit d’emblée sans test urinaire préalable. Les médecins et les patients savent très bien reconnaître les symptômes d’une infection urinaire, mais cette méthode de diagnostic est imparfaite.
Les statistiques montrent qu’entre 26 à 44 % des femmes qui ont une première infection urinaire en connaîtront une autre. Parmi ces femmes, il est hautement probable que le traitement antibiotique ait échoué à éliminer complètement l’infection urinaire.
Les recherches montrent qu’à chaque fois qu’une femme développe une nouvelle infection urinaire, les chances qu’elle récidive augmente.
En d’autres termes, plus vous avez d’infections urinaires, plus vous avez de chances d’en développer d’autres.
Si votre traitement n’a pas fonctionné la première fois, il est crucial de comprendre pourquoi afin de rectifier la situation le plus vite possible et ainsi éviter que ce cercle vicieux ne s’installe dans la durée.
Pourquoi les bandelettes et les ECBU n’apportent-ils pas de solution à ce problème ?
Tout d’abord, intéressons-nous aux bandelettes urinaires que vous utilisez à la maison ou chez le médecin. Puis, nous vous expliquerons pourquoi les ECBU s’avèrent peu fiables.
Ces informations vous permettront de poser les bonnes questions à votre médecin si vos résultats sont négatifs malgré vos symptômes.
Nous avons également créé un pdf à télécharger qui liste les différents types de tests. Renseignez votre adresse email dans la barre en bas de cet article pour le recevoir. Recevoir le pdf.
Pourquoi ne faut pas se fier aux bandelettes urinaires ?
Les bandelettes urinaires sont souvent utilisées comme un indicateur de l’infection urinaire. Cela dit, plusieurs études ont montré que ces bandelettes ne sont pas fiables et qu’elles ne doivent pas être utilisées pour exclure une infection urinaire.
Vous avez sûrement déjà utilisé une bandelette urinaire lors d’une visite chez votre médecin, mais de nombreuses personnes les achètent en ligne ou en pharmacie pour s’en servir à la maison.
Les bandelettes urinaires achetées à la pharmacie ne comportent le plus souvent que deux des indicateurs (les petits carrés de couleurs) listés ci-dessous (Étudier en anglais) :

Décryptage des indicateurs présents sur une bandelette urinaire
| PH de l’urine | Si le PH de l’urine se trouve hors des valeurs normales situées entre 5 et 7, c’est sûrement parce que vous avez bu une boisson ou mangé un aliment qui altère momentanément le PH de l’urine. Un PH anormal peut aussi indiquer un problème de santé. |
| Protéine | La présence de protéine dans l’urine (protéinurie) peut indiquer une maladie des reins ou d’autres problèmes de santé, mais peut aussi être causée par : Une infection urinaire La déshydratation Le stress ou une activité physique intense Une exposition à un froid extrême La fièvre |
| Une dose élevée de sucre | Le diabète est la cause la plus fréquente de sucre dans les urines, mais il peut aussi être le marqueur d’autres maladies. |
| Cétones | La présence de cétones dans les urines peut aussi être causée par le diabète, mais elle peut aussi être le résultat d’un état de cétose, où le corps brûle des graisses plutôt que du sucre. |
| Bilirubine | La présence de bilirubine dans l’urine peut être un indice précoce de problèmes rénaux, même si cet indicateur est très peu fiable. |
| Urobilinogène | L’urobilinogène est un sous-produit de la bilirubine et peut indiquer des problèmes de foie ainsi que d’autres maladies. |
| Nitrite | Certaines bactéries responsables des infections urinaires produisent une enzyme qui transforme les nitrates de l’urine en nitrite. Donc si la bandelette urinaire confirme la présence de nitrite, l’infection urinaire est avérée. Cela dit, de nombreuses bactéries ne produisent pas de nitrites dans l’urine. |
| Globules rouges (érythrocytes) | La présence de sang dans les urines peut être le fait d’une activité sportive intense, mais la plupart du temps elle signe la présence d’une infection, d’une inflammation, d’une maladie ou d’une blessure de l’appareil urinaire. |
| Globules blanc (leucocytes estérase) | Si la bandelette urinaire montre des globules blancs, il est probable que vous ayez une infection ou une maladie rénale. |

« Mon urine était trouble et j’avais des douleurs en urinant. Mon médecin a trempé une bandelette urinaire dans mon échantillon d’urine et m’a dit que je n’avais pas d’infection. Il m’a assuré que je n’avais pas d’infection alors que j’avais déjà eu plusieurs infections urinaires dans le passé et que j’en connaissais bien les symptômes. »
Plusieurs études ont prouvé que les bandelettes urinaires ne sont fiables que 30 % du temps (Étudier en anglais). Cela signifie que votre test peut revenir négatif alors qu’une infection est bien présente.
D’après certaines études, il ne faudrait plus recourir aux bandelettes urinaires pour confirmer la présence d’une infection urinaire chez les patients symptomatiques.
Étant donné que les bandelettes urinaires sont très peu fiables, il est conseillé d’envoyer un échantillon d’urine au laboratoire si vous présentez des symptômes urinaires malgré un résultat négatif.
Cela nous amène au prochain problème…
8 raisons pour lesquelles votre ECBU peut se tromper
Imaginons la situation suivante : les résultats de votre ECBU sont négatifs, pourtant vous présentez des symptômes. Il est fortement probable que vous ayez une infection urinaire. Malheureusement ces problèmes de test défaillants complexifient d’autant plus la recherche de réponses.
Cela arrive très souvent et nous allons vous expliquer pourquoi. Il est important de bien comprendre comment fonctionne une analyse cytobactériologique des urines, communément appelé ECBU.
Découvrez ici le témoignage d’Ally “L’infection : C’est pire que d’avoir mal quand on fait pipi”
#1. On sait maintenant que l’urine n’est pas stérile
On a pendant longtemps cru que l’urine était stérile. Cette croyance est extrêmement ancrée dans le corps médical, pourtant nous savons aujourd’hui qu’elle est fausse.
Plusieurs études scientifiques démontrent qu’une vessie saine contient plusieurs centaines de bactéries différentes. Et chez les patients atteints d’une infection urinaire, les chercheurs en ont identifiées encore plus. On pensait que la vessie était un environnement stérile alors qu’elle contient un nombre très élevé de bactéries !
Les méthodes de test ont toujours été développées par des scientifiques qui pensaient que l’urine était stérile, donc les résultats des tests ont toujours été erronés.
Pour beaucoup de patients, la conséquence de ces tests imparfaits est un résultat d’analyse indiquant une « contamination » : les bactéries présentes dans l’échantillon proviendraient d’une source externe : le vagin, la peau, ou un objet.
Cette « contamination » signerait en fait la présence de bactéries multiples en provenance de la vessie et cet indicateur devrait être pris en compte dans le diagnostic et le traitement des infections urinaires. Le résultat d’un ECBU peut aussi conclure à une bactériurie faible, donc un petit nombre de bactéries que les médecins ignorent la plupart du temps.
Il faut souligner que la contamination des échantillons est également une possibilité, il faut donc impérativement la réduire au minimum. Nous abordons ce sujet plus en détail ci-dessous.
#2 La bactérie responsable de votre infection urinaire ne se trouve peut- être pas dans votre échantillon d’urine
Les méthodes de test classiques cherchent à identifier les pathogènes présents dans l’urine (c’est ainsi que les infections urinaires débutent).
A chaque nouvel épisode d’infection urinaire, il existe un risque accru de développer une infection « incrustée » dans les tissus de la vessie, particulièrement difficile à traiter. Une infection « incrustée » ou « collée » à la paroi de la vessie s’appelle un biofilm.
Les biofilms ne sont pas foncièrement mauvais – un grand nombre de bactéries forment des biofilms et ils jouent un rôle important au sein du microbiote intestinal.
Lorsque les bactéries forment des biofilms dans la vessie, elles ne flottent plus dans l’urine. Si les bactéries ne flottent plus dans l’urine, elles n’atterriront pas dans votre échantillon d’urine. Pour en savoir plus sur les biofilms, notre vidéo sur les biofilms vésicaux est disponible ici.
Si votre échantillon d’urine ne contient pas de bactéries, elles ne seront pas détectées lors de l’ECBU.
Il existe d’autres raisons pour lesquelles votre échantillon ne contient pas assez de bactéries. La plupart du temps, c’est parce que vous buvez trop. Si vous allez très souvent aux toilettes et que votre urine est très diluée, votre échantillon ne contiendra peut-être pas assez de marqueurs identifiables lors d’un examen cytobactériologique des urines.
#3 Les ECBU n’étaient pas censés être utilisés pour le diagnostic des infections urinaires
Dans les années 50, un scientifique nommé Kass a mené deux études sur deux groupes de femmes ayant une pyélonéphrite – une infection du rein. Les patientes étaient divisées en deux groupes : celles qui étaient enceintes et celles qui ne l’étaient pas.
Kass a découvert qu’un certain seuil de bactérie dans les urines après culture indiquait la présence d’une infection du rein avec 80 % d’exactitude.
Kass en a donc conclu que le diagnostic de pyélonéphrite peut être posé lorsqu’un certain nombre de bactérie était retrouvé dans les urines. C’est ce qu’on appelle communément le compte de Kass, et vous en avez peut-être déjà entendu parler lors d’un rendez-vous chez le médecin ou au laboratoire d’analyse.

Le compte de Kass est fixé à 100 000 (10<sup>5</sup>) unités formant des colonies (UFC) de bactéries par millilitre d’urine mis en culture, l’infection est confirmée si ce seuil est atteint. C’est un seuil très précis qui laisse peu de place à l’interprétation.
Une donnée cruciale qu’il faut retenir, c’est que le compte de Kass pour le diagnostic des pyélonéphrites n’était fiable qu’à 80 %. Ce seuil n’a jamais été validé scientifiquement pour les infections des voies urinaires basses, comme les infections de la vessie ou de l’urètre.
Pourtant, le compte de Kass et l’ECBU ont été largement adoptés par la communauté médicale et sont considérés comme la référence absolue pour le diagnostic des infections urinaires depuis 60 ans.
Depuis, plusieurs scientifiques ont prouvé que le compte de Kass est bien trop élevé et qu’il n’est pas adapté au diagnostic des infections des voies urinaires basses. En effet, un seuil bactériologique bien plus bas peut indiquer une infection urinaire.
« Si les résultats d’une bandelette urinaire ou d’un ECBU se révèlent négatifs mais que le patient se plaint de symptômes urinaires, les médecins doivent écouter le patient. Les tests actuels, bandelettes comme ECBU, sont imparfaits et il ne faut pas discréditer les symptoms décrits par le patient en cas de résultat négatif. »
Étant donné que l’examen cytobactériologique des urines se base sur le test de Kass, une charge bactériologique inférieure au compte de Kass ne sera pas considérée comme responsable d’une infection urinaire, et l’antibiogramme ne sera pas réalisé.

#4 Les infections urinaires peuvent être causées par plusieurs bactéries à la fois
L’ECBU de milieu de jet – ou test de Kass – a un autre défaut majeur : il chercher à identifier un pathogène unique et ne prend pas en compte la possibilité d’une infection à bactéries multiples.
Actuellement, si plusieurs pathogènes sont identifiés, le laboratoire en conclut que l’échantillon d’urine a été contaminé.
Cette conclusion est erronée puisqu’il a été démontré que certaines infections urinaires chroniques sont causées par différents types de bactéries qui cohabitent dans les voies urinaires. Chaque pathogène peut nécessiter un traitement différent.
« Nos recherches biologiques montrent que certaines infections à bactéries multiples se cachent dans les cellules de la vessie. Logées à l’intérieur des cellules, les bactéries sont dormantes mais causent une inflammation qui provoque différents symptômes urinaires… Ces infections intracellulaires résistent aux attaques du système immunitaire et des antibiotiques. »
#5. La plupart des bactéries ne peuvent pas être détectées par les ECBU
Les méthodes de culture pour les tests urinaires ne reproduisent pas l’environnement de la vessie. Comme nous l’avons expliqué plus haut, la mise en culture d’un échantillon d’urine se base sur une technique et des conditions très précises sur une courte durée.
Dans ces conditions, la vaste majorité des bactéries ne se développeront pas. De nombreux organismes qui vivent et se multiplient dans la vessie ne développeront pas sur la plaque de culture d’un laboratoire.
Cela signifie que les méthodes classiques de culture d’urine ne sont pas en mesure d’identifier tous les pathogènes responsables des infections urinaires. Et si votre infection urinaire est causée par l’un d’entre eux, vous obtiendrez des résultats négatifs au test d’infection urinaire.
La figure ci-dessous montre les organismes qui ont été identifiés dans la vessie à l’aide de protocoles de culture étendus. Les marques peuvent être interprétées comme suit :
Étoiles orange – Bactéries connues pour être associées aux infections urinaires ou pour aggraver celles-ci, mais qui ne sont pas détectées par le SUC.
Flèches jaunes : uropathogènes connus qui ne sont pas détectés par le SUC.
Flèches rouge foncé : organismes détectés par le SUC.
Non marqués : on ne sait pas grand-chose sur les organismes non marqués. Certains d’entre eux pourraient être bénéfiques (comme les autres espèces de Lactobacillus), d’autres bénins (ni bons ni mauvais), et d’autres encore pourraient être des uropathogènes non découverts. Des recherches supplémentaires sont nécessaires.
Certaines méthodes alternatives de test comme l’EQUC, PCR et NGS sont capables d’identifier de nombreux pathogènes que l’ECBU ne permet pas de détecter.
Le Dr Krystal Thomas-White, notre conseillère scientifique chez Live UTI Free, nous a récemment fourni des informations supplémentaires sur les raisons pour lesquelles les cultures d’urine standard peuvent être si imprécises. Elle partage ces informations et bien d’autres dans notre interview vidéo. Découvrez-la sans plus attendre !
#6. La présence de globules blancs dans l’urine est souvent ignorée
Nous avons mentionné plus haut la présence de globules blancs (leucocytes) dans l’urine dans le cadre du diagnostic d’une infection urinaire à l’aide d’une bandelette. Même si ce mot n’est pas des plus poétiques, on désigne souvent les globules blancs par du « pu ».
Lors d’un ECBU, le laboratoire effectue aussi une recherche de globules blancs dans l’échantillon d’urine. Si votre bandelette urinaire ou votre ECBU montre des globules blancs dans l’urine, il est fort probable que vous ayez une infection urinaire.
Malheureusement, la présence de globules blancs dans l’urine est mesurée selon un seuil fixé il y a très longtemps, bien avant le fameux compte de Kass.
Vous avez sûrement compris que la mesure des globules blancs sert à confirmer le compte de Kass. Dans un monde parfait, vos résultats d’analyses montreraient une charge bactérienne importante EN PLUS de la présence de globules blancs indiquant que votre corps se bat contre une infection.
Un nombre élevé de bactéries et la présence de pu – la réponse du système immunitaire – pointent en faveur d’une infection urinaire.
La mesure des globules blancs dans un échantillon d’urine pose trois problèmes majeurs :
- Tout comme le compte de Kass, les recherches suggèrent que le seuil fixé pour les globules blancs est lui aussi trop élevé, et qu’un nombre de globules blancs inférieurs à ce seuil peut indiquer une infection urinaire.
- Les globules blancs meurent rapidement à l’extérieur du corps, et leur nombre peut avoir diminué grandement entre le moment où vous avez effectué le test urinaire et celui où il est analysé par le laboratoire.
- Si votre urine contient des globules blancs mais que le nombre de bactéries n’atteint pas le compte de Kass, l’augmentation des globules blancs peut être considérée comme une anomalie et ne sera pas forcément prise en compte par les médecins.
On se réfère au troisième point par le nom de « pyurie stérile ».

Pyurie signifie pu dans l’urine, et stérile signifie absence de bactéries. Donc « pyurie stérile » veut dire qu’on a retrouvé du pu dans les urines, mais pas les bactéries responsables des infections urinaires.
De nombreux chercheurs pensent que la pyurie stérile est un faux concept dû au compte de Kass qui serait trop élevé, et qu’une charge bactérienne inférieure au seuil peut être responsable de l’infection.

« J’avais constamment des symptômes d’infection urinaire, parfois légers, parfois intenses, mais ils ne me quittaient jamais. J’ai acheté des bandelettes urinaires pour tester mon urine moi-même à la maison. Tous les jours sans exception, la bandelette montrait un taux anormalement élevé de globules blanc. Mais lorsque j’envoyais un échantillon d’urine au laboratoire pour réaliser un ECBU, les résultats étaient toujours négatifs. Je n’y comprenais rien. »
#7. L’augmentation des cellules épithéliales dans l’urine n’est pas considérée par les médecins comme une réponse immunitaire
Les cellules épithéliales tapissent la paroi de l’appareil urinaire, notamment la vessie. Dans le cas d’une infection urinaire, le corps tente d’éliminer les pathogènes qui ont formé des biofilms ou des colonies bactériennes intracellulaires (IBCs) en se débarrassant de ses propres cellules.
Le corps est une machine incroyable. Les bactéries envahissent les tissus de la vessie et y forment des communautés, et le corps élimine ses propres cellules en espérant se débarrasser de l’infection.
Dans le passé, si des cellules épithéliales étaient retrouvées dans l’urine sans que la présence de bactérie soit confirmée, le laboratoire concluait à une contamination de l’échantillon. Il est maintenant clair que la présence de cellules épithéliales dans l’urine est l’un des indicateurs d’une infection « incrustée » sous-jacente.
#8. Il est quasiment impossible d’obtenir un échantillon non contaminé
Si vous avez déjà dû fournir un échantillon d’urine pour un test quelconque, vous connaissez probablement les termes « mi-jet » et « clean-catch » (prélèvement par stimulation de la vessie). Ils font essentiellement référence à un prélèvement sans contamination qui se fait uniquement pendant la phase intermédiaire de la miction. Deux problèmes se posent ici.
Commençons par la contamination. D’un point de vue anatomique, l’urine qui sort de l’urètre est très susceptible de recueillir des bactéries provenant de la peau et du vagin, qui se retrouveront alors dans l’échantillon.
Deuxièmement, il est très difficile de se pencher au-dessus des toilettes, d’écarter les lèvres (pour les femmes) et d’avoir simultanément un récipient prêt à recueillir l’échantillon, puis de ne prélever qu’environ 30 ml d’urine sur un jet qui peut atteindre plusieurs centaines de millilitres au total.
En raison de toutes ces difficultés, jusqu’à 1 échantillon d’urine sur 4 est considéré comme contaminé. Quel que soit le type de test que vous choisissez ou qui vous est recommandé, il est toujours préférable d’avoir un échantillon fiable.
5 méthodes de test alternatives que vous pourriez envisager
On ne pourra jamais assez le répéter…. L’absence de confirmation d’une infection n’est pas la même chose que la confirmation de l’absence d’une infection.
Ou, pour le dire plus simplement, ce n’est pas parce que votre bandelette ou votre ECBU est négatif que vous n’avez pas d’infection urinaire.
Il existe d’autres méthodes de test, allant d’un ECBU modifié à la solution de haute technologie du séquençage génétique. Elles sont toutes listées ci-dessous :
Pour aller plus loin, nous évoquons plus en détail les tests alternatifs dans un répertoire de diagnostics que vous pouvez télécharger et transmettre à votre médecin. Vous pouvez télécharger le document via cette page ou en remplissant le formulaire en bas de la page. (Ressources uniquement en anglais).
Regardez notre série de vidéos d’experts pour en savoir plus sur le dysfonctionnement des cultures d’urine standard et en quoi elles peuvent conduire à un diagnostic inexact.

« Nous avons une expression en anglais qui résume bien la situation : ce qui ressemble à un canard, marche comme un canard et cancane comme un canard… est forcément un canard. Vous avez en face de vous une personne qui décrit des douleurs à la vessie ou à l’urètre, des envies fréquentes d’uriner, desurgences mictionnelles et des brûlures. Malgré ces symptômes, son ECBU est négatif. Qui décidez-vous de croire ? Soignez-vous un ECBU ou une personne ? »
Si vos symptômes perdurent mais que vous ne parvenez pas à obtenir un diagnostic et un traitement, il est temps d’en apprendre plus sur les troubles urinaires chroniques afin de prendre les choses en main.
Un grand nombre de chercheurs, spécialistes et médecins dans plusieurs pays ont développé de nouvelles approches prenant en compte plusieurs facteurs afin de mieux appréhender les maladies telles que les infections urinaires récidivantes, les cystites chroniques et les cystites interstitielles.
Grace à eux, il existe de nouvelles méthodes de test auxquelles vous pouvez recourir.
1. Test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour les infections urinaires
La réaction en chaîne par polymérase (PCR) est l’une des méthodes de test ADN les plus couramment utilisées pour les infections urinaires. La PCR est une méthode très sensible et spécifique utilisée pour détecter des organismes en créant des millions de copies de séquences d’ADN présentes dans un échantillon d’urine. Ce processus permet d’identifier des organismes, mais uniquement ceux sélectionnés pour être testés.
Les organismes sélectionnés forment ce qu’on appelle un panel, et pour le dépistage des infections urinaires, ce panel peut comprendre de quelques organismes à plusieurs dizaines. En raison des limites du nombre d’organismes qu’un panel peut contenir, il existe un risque que le ou les organismes à l’origine des symptômes d’un patient ne soient pas inclus dans le panel et ne soient donc pas détectés.
Pour remédier à cette éventualité, les panels PCR pour le dépistage des infections urinaires contiennent généralement une liste des organismes les plus couramment associés aux symptômes des infections urinaires.
Nous avons collaboré avec plusieurs laboratoires d’analyse afin d’en savoir plus sur cette méthode de test et sur la manière dont différents laboratoires mettent en œuvre cette technologie, en pensant aux patients atteints d’infections urinaires.
Retrouvez notre entretien avec le Dr Heidi Peterson, qui évoque les avantages des tests PCR dans son approche holistique des infections urinaires récurrentes, ainsi que notre entretien avec le Dr Elizabeth Kavaler, qui explique le processus des tests PCR.
Et si vous souhaitez obtenir plus d’informations à transmettre à votre médecin pour discuter de ces tests, vous pouvez télécharger nos ressources sur les tests de dépistage des infections urinaires.
2. Test de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour les infections urinaires
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est un terme générique qui couvre plusieurs types de technologies basées sur l’ADN. Les tests NGS disponibles pour les infections urinaires utilisent généralement ce que l’on appelle les 16s et 18s, qui font référence à un gène commun à toutes les bactéries (16s) et à tous les champignons (18s).
Le NGS est plus complet que la PCR dans la mesure où la détection ne se limite pas à un panel d’organismes. Au contraire, le NGS recherche les gènes 16s et 18s parmi tout le matériel génétique contenu dans un échantillon et le compare à une base de données contenant des milliers d’organismes.
Les organismes identifiés sont souvent indiqués en termes de « charge », qui signifie la quantité de matériel génétique trouvé provenant de l’ADN d’un organisme particulier.
Les tests NGS ne sont pas aussi répandus que les tests PCR, mais ils deviennent plus accessibles à mesure que de plus en plus d’entreprises de diagnostic adoptent cette technologie.
Microbiologie numérique par SBL
Au Royaume-Uni, la microbiologie numérique par SBL combine l’utilisation de la technologie NGS et les tests de concentration minimale inhibitrice (CMI) pour guider l’antibiothérapie.
MicroGenDx
MicroGenDx propose des tests NGS pour les infections urinaires et vaginales, livrés directement à domicile et disponibles dans la plupart des régions. La signature d’un clinicien n’est pas requise pour commander un kit de test, mais elle est nécessaire pour recevoir des recommandations en matière d’antibiotiques. Cliquez sur le lien pour en savoir plus sur MicroGenDx.
BIOTIA-ID Urine
BIOTIA-ID Urine utilise le séquençage aléatoire, une forme complète de séquençage de nouvelle génération (NGS), et l’intelligence artificielle (IA) pour détecter et analyser les organismes présents dans un échantillon d’urine. Le matériel génétique présent dans l’échantillon est comparé à une base de données de plus de 7 000 organismes afin d’identifier la présence éventuelle de l’un des plus de 40 agents pathogènes urinaires répertoriés. Ce test est disponible dans tous les États américains, et Biotia propose une option de télésanté pour faciliter l’accès. Biotia peut orienter directement les patients vers des cliniciens qui utilisent leur test. En savoir plus sur BIOTIA-ID Urine.
Mise en garde concernant les tests urinaires par séquençage de nouvelle génération
Même si l’ADN est utilisé depuis longtemps par les scientifiques pour identifier les micro- organismes, cette technique est coûteuse et chronophage, c’est pourquoi elle est peu utilisée en médecine traditionnelle dans le cadre du diagnostic des maladies chroniques.
Cela dit, cette tendance semble s’inverser depuis quelques années et ces nouveaux tests sont de plus en plus utilisés pour identifier l’ADN des microbes présents dans les échantillons de sécrétions humaines comme l’urine. Ces tests ADN ont déjà identifié plus de 1 200 espèces microbiennes dans des échantillons d’urine – un nombre bien supérieur à d’autres méthodes de test urinaire.
Cette catégorie de test est appelée Séquençage de Nouvelle Génération (SNG), et les deux laboratoires cités ci-dessus pratiquent cette technique.
Certains spécialistes des infections urinaires chroniques se méfient du séquençage nouvelle génération. Ce test permet en effet d’identifier des centaines de micro-organismes dans un seul échantillon d’urine, mais on ne connaît pas leur rôle dans le développement des infections urinaires. Parmi ces centaines de bactéries, comment savoir celles qui sont responsables des infections urinaires ?
Pour tenter de répondre à cette question, les résultats du séquençage nouvelle génération incluent le pourcentage des micro-organismes identifiés dans l’échantillon d’urine. Si on en croit les laboratoires, cette information permet d’identifier le micro-organisme dominant et d’ajuster le traitement antibiotique pour l’éliminer.
De nombreux médecins ayant recourt au séquençage nouvelle génération confirment que cette approche a montré de très bons résultats. Elle est utilisée par différentes branches de la médecine, notamment en urologie pour les infections urinaires chroniques.
Si les tests conventionnels ont échoué à confirmer le diagnostic dune infection urinaire, le séquençage nouvelle génération peut être une solution.
3. Culture d’Urine Quantitative Étendue (Expanded Quantitative Urine Culture, EQUC)
La Culture d’Urine Quantitative Étendue (EQUC) est une méthode de test urinaire relativement récente qui a été utilisée dans le cadre de plusieurs recherches sur le microbiote urinaire et les infections urinaires récidivantes chez la femme.
L’EQUC est en fait un Examen Cytobactériologique des Urines quelque peu modifié, qui se base le concept de mise en culture de l’urine tout en appliquant des changements importants à la procédure. Ces changements incluent : un volume d’urine plus important mis en culture, une période d’incubation plus longue soumise à différentes conditions atmosphériques.
Plusieurs études prouvent que le protocole de l’EQUC offre de bien meilleurs résultats que celui de l’ECBU.
En effet, lors d’une étude visant à comparer les deux techniques, les chercheurs se sont aperçus que 80 % des EQUC confirmaient la présence de bactéries (test positif) tandis que les 92 % des ECBU concluaient à l’absence de bactéries (test négatif) pour les mêmes échantillons d’urine.
Aux Etats-Unis, L’EQUC est devenu la méthode de test de référence de certains médecins. Nous sommes actuellement à la recherche d’informations pour aider les patients à réaliser un EQUC. Nous les publierons dès que possible.
4. Examen au microscope d’un échantillon d’urine fraîchement recueilli
Tout est dans le titre, il s’agit d’un examen au microscope d’un échantillon d’urine fraîchement recueilli. Directement après le recueil de l’urine, l’échantillon est analysé au microscope afin de réaliser le décompte des bactéries, des champignons, des globules blancs et rouges ainsi que les cellules de la paroi de la vessie (cellules épithéliales). Cette technique était utilisée dans les années 20 et a été remis sur le devant de la scène il y a quelques années.
Lors d’une étude britannique mené par le Professeur Malone-Lee, spécialiste en urologie, les patients devaient décrire leurs symptômes puis un échantillon d’urine était prélevé pour être analysé au microscope tout de suite après le recueil.
Lorsque l’examen au microscope révélait la présence d’une infection, le traitement était efficace dans 84 % des cas chez des patients qui présentaient des symptômes urinaires que les médecins jugeaient incurables.
« Nous réalisons un seul test : l’examen au microscope d’un échantillon d’urine fraîchement recueilli, puis nous comptons le nombre de globules blancs et rouges, de cellules épithéliales, de bactéries et de champignons. Après, nous interprétons les informations recueillies lors de l’auscultation et de l’examen microscopique. Nous prenons toutes les données en compte, et plus particulièrement les symptômes décrits par les patients. »
À l’heure actuelle, nous ne connaissons pas de spécialiste pratiquant cette technique en France. Cela dit, il est possible de reproduire cet examen microscopique avec l’aide d’un spécialiste en médecine ou en microbiologie.
5. Examen Cytobactériologique des Urines Modifié (Modified Standard Urine Culture Test)
Même si nous savons que les ECBU ne sont pas fiables, ils se révèlent utiles pour certaines personnes. Vous pouvez demander à votre médecin de modifier l’examen cytobactériologique des urines pour augmenter sa précision. Ces changements incluent :
- Abaisser le seuil d’unités formant des colonies (UFC) à 10^2 ou 10^3 au lieu de 10^5.
- Demander un antibiogramme si l’ECBU est positif, même lorsque le nombre de bactéries ou de champignons est peu élevé. L’antibiogramme devrait être réalisé automatiquement, car cette information est essentielle pour connaître l’antibiotique ou l’antifongique qui doit être prescrit.
- Augmenter la période d’incubation pour encourager la croissance de plusieurs types de pathogènes.

Ces changements ne sont pas toujours possibles, parlez-en avec votre médecin avant de faire un ECBU, ou bien adressez-vous directement au laboratoire.
Les méthodes de test urinaire classiques se sont révélées si peu fiables qu’il nous est difficile de vous les recommander. Cela dit, force est d’admettre qu’elles sont souvent les seules options disponibles dans la plupart des régions du monde, nous ne donc pouvons pas les écarter complètement.
Il est indispensable de trouver le bon spécialiste
Il est tout à fait possible de réaliser un test urinaire sans passer par un médecin, mais les résultats ne vous serviront pas à grand chose sans l’aide d’un docteur habilité à interpréter les informations fournies par le laboratoire et à vous prescrire le traitement adapté.
Les méthodes de tests que nous avons présentées dans cet article ne sont pas toujours connues des médecins car elles ne sont pas encore disponibles au plus grand nombre. Parfois, les médecins connaissent ces techniques mais ne les ont jamais utilisées, ou bien pensent qu’elles ne servent à rien.
Il est important de trouver le bon médecin pour vous accompagner avant de réaliser un test urinaire autre que l’ECBU. Si vous souhaitez en savoir plus sur les différents traitements contre les infections urinaires récidivantes / chroniques, lisez notre article à ce sujet.
Faut-il recourir aux tests urinaires alternatifs ?
Cette décision vous appartient. Il s’agit de votre santé et vous êtes seule à juger de l’importance d’obtenir un diagnostic et un traitement adapté à vos problèmes urinaires.
Posez-vous quelques questions au préalable :
- Avez-vous déjà réalisé plusieurs ECBU ?
- Si c’est le cas, les résultats étaient-ils négatifs malgré la persistance des symptômes ? Avez-vous reçu vos résultats en main propre ? Les avez-vous lus ?
- Si vos résultats sont positifs, votre traitement a t-il fait effet ? Ou les symptômes sont-ils revenus après quelques jours / semaines ?
- Vous sentez-vous capable de gérer vous-mêmes vos symptômes urinaires chroniques, ou souhaitez-vous trouver une solution durable à vos problèmes ?
- Avez-vous rassemblé tous vos examens pour en discuter avec un professionnel de santé ?
- Avez-vous identifié toutes les solutions qui s’offrent à vous, ou avez-vous besoin de faire plus de recherches ?
- Connaissez-vous un médecin qui pourrait vous accompagner dans votre démarche ?
Vous seules pouvez répondre à ces questions. Le chemin vers la guérison est propre à chaque personne.
N’hésitez pas à poser vos questions ou à laisser vos commentaires ci-dessous.
